Ce terme s'applique plus spécifiquement au cadre de la séparation d'une Église chrétienne en deux Églises, comme le grand schisme d'Orient (1054) entre l'Église catholique romaine et les Églises orthodoxes, qui persiste encore de nos jours, ou encore comme le grand schisme d'Occident, lequel a été mis fin par le concile de Constance (1414-1418).

Césaropapisme est un système de gouvernement temporel (césar) qui, dans une volonté de domination universelle, cherche à exercer son pouvoir sur les affaires religieuses (pape). Ce fut notamment le cas des empereurs byzantins et germaniques, en particulier de Frédéric 1er dit Barberousse.

Cette suprématie de l’Empereur sur l’Église se traduit par la définition des dogmes religieux, la nomination des individus aux fonctions sacerdotales, la discipline imposée au clergé... (Césaropapisme est un mot anachronique qui a été forgé dans la seconde moite du XIX eme siècle pour définir l’absorption par l’empereur (César), souverain temporaire, des fonctions spirituelles dévolues au chef de l’église chrétienne (Pape).